Het plan om naast de al bestaande centra voor letterkundigen en beeldende kunstenaars ook een centrum voor excellente musici te creëren, dateert van de jaren vijftig van de twintigste eeuw. Initiatiefnemers van het eerste uur waren harpiste Phia Berghout en dirigent Eduard van Beinum. Hun idee: een internationale ontmoetingsplaats waar musici uit de gehele wereld zich tijdens studiebijeenkomsten met elkaar zouden kunnen meten.
In 1960 kreeg dit idee vaste vorm; op 16 november van dat jaar werd de stichting opgericht. De naam lag voor de hand: het jaar ervoor overleed Eduard van Beinum.
In 1963 betrok de stichting het buitenverblijf Queekhoven aan de Vecht bij Breukelen en beschikte Nederland over een internationaal muziekinstituut, waar in de jaren daarop volgend honderden gastdocenten van internationale allure en duizenden cursisten uit alle windstreken bivakkeerden.
Naast de studiebijeenkomsten, cursussen en masterclasses was er al vroeg aandacht voor de ontwikkelingen op het gebied van de historische muziekpraktijk. Ook werd onderzoek gedaan naar muziek uit andere culturen.
Door het wegvallen van overheidssubsidies zagen directie en bestuur zich in 1983 gedwongen Huize Queekhoven af te stoten. De oude stichtingsdoelstellingen waren aan herziening toe en er werd een nieuwe koers uitgezet.
Tussen 1986-1996 werkte de Van Beinum Stichting samen met Het Muziektheater in Amsterdam en de beide vaste bespelers: Het Nationale Ballet en de Nederlandse Opera. In deze periode trad de EVBS op als opdrachtgeefster voor enkele succesvolle nieuwe werken.
Dit markeerde het beginpunt van een nieuw kernbeleid: het verstrekken van compositieopdrachten. Ondanks de bescheiden financiële slagkracht zijn in de laatste drie decennia inmiddels meer dan honderd nieuwe werken met steun van de Eduard van Beinum Stichting in première gebracht.